Also ich habe mich bisher nur mit Pythonskripten befaßt und das auch nur oberflächlich, denke aber dein Vorhaben müßte umsetzbar sein.
Zu Python-Skripten in GIMP gibt es hier was:
http://www.gimp.org/docs/python/ soweit ich auf den Ersten Blick sehe kann man sich schonmal eine Liste aller Layer geben lassen.
Wenn man diesen dann irgendwie ihre Koordinaten entlocken kann hast Du gewonnen.
Durchiterieren und ein File schreiben sollte mit Python eigentlich kein Problem sein.