Naja, eine Farbe "Transparent" gibt es nicht (soweit ich weiß). Du erzeugst Transparanz durch Abwesenheit von Farbe

, z. B. indem du entspr. Bereiche löschst.
Alternativ kannst du jeder Ebene eine "Maske" verpassen. Die Maske ist genauso groß wie der zugehörige Layer, besteht aus Abstufungen zwischen Schwarz und Weiß und ist vom Inhalt frei gestaltbar (Pinselarbeit, Gradient, Muster, ...). Der Tonwert eines Maskenpixels bestimmt die Transparenz des entsprechenden Ebenenpixels (weiß = 100% opak, schwarz = 100% transparent). Damit hast du ein nicht zu unterschätzendes Werkzeug, um die Transparenz bestimmter Bereiche der Ebene einzustellen. Und es kommt der "Farbe Transparent" am Nächsten, da du wie gesagt in der Maske mit den normalen Werkzeugen arbeiten kannst.
Es ist spät, und ich bin nicht mehr so fit. =)
Vielleicht ist das alles Bockmist, was ich geschrieben habe; ich schau's mir morgen nochmal an *g*
Eins noch: Wenn du viel mit GIFs arbeitest, die ja nur max. 256 Farben speichern, solltest du wohl tiefer in die Farb-Index-Geschichte einsteigen. Davon hab ich allerdings keine Ahnung.