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Vincent van Ompf 08.08.2010 16:07

Teilchen zählen
 
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Hallo liebe Forenmitglieder!

Bin neu und habe eine spezielle Frage, die jedoch allgemein interessant sein sollte. Im Anhang sind sind zwei Mikroskop-Fotos, bei denen ich wissen will, wieviele rote Teilchen in jedem Foto sind. Mit Gimp müsste man bei Histogramm über den r-Kanal rot zählen können und über die gesamten Kanäle die schwarzen Teilchen und den weißen Hintergrund abziehen können.
Aber insgesamt blicke ich da noch nicht durch - ich bräuchte eine genaue Anleitung, wie man da am besten vorgehen kann. Ideal wäre natürlich, wenn man das ganze noch automatisieren könnte.
(Übrigens wen's interessiert: das steht in Zusammenhang mit DIN EN ISO 10601.)
Über Antworten würde ich mich sehr freuen und gebe auch gerne weitere Infos bei Bedarf. Auf längere Sicht werde ich mich natürlich hier richtig einarbeiten.
LG

Palatin 08.08.2010 17:47

Interessantes Problem, aber fällt das nicht eher unter Mustererkennung als unter Bildbearbeitung? Das Problem bei der Geschichte ist ja, dass der Computer nicht wie ein Mensch eine Intuition dafür hat was ein zu zählender Fleck ist und was nicht. Soweit ich weiß sind die Algorithmen die sowas können schon sehr komplex.
Ich weiß jetzt zwar auch nicht an wen Du dich wenden könntest, aber Du bist gewiss nicht der erste Mensch mit Mikroskop der sich diesem Problem stellt. Ich bin sicher irgendwo da draußen arbeiten Leute an der Lösung genau dieses Problems. Hier werden sie aber vermutlich nicht vorbeischauen, denn hier ist ja die Konzentration eher auf kreative Bildbearbeitung.

TheGrudge 08.08.2010 18:41

Da fällt mir spontan OpenCV ein, eine C++ Library für genau solche Dinge.
Hatte ich für meine Diplomarbeit benutzt, in digiKam nutzen wir es auch zur Mustererkennung.

Zusammen mit der CVBlob-Library müssten sich diese schwarzen Flecken zählen lassen, aber eine 100%-ige Genauigkeit wirst du nicht erhalten, allein schon deswegen, dass manche Blobs ineinander fließen (also nicht genügend Abstand zu den Nachbarblobs haben).

Jetzt musst du dir nur noch ein kleines Programm schreiben, das dies kann (sofern du ein wenig Programmiererfahrung hast) :)

lox2eagle 08.08.2010 22:48

http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html <--- Du suchst wohl eher sowas als ein Bildbearbeitungsprogramm ;)

Wurde hier schon mal empfohlen, hab es selbst aber nicht getestet.

Vincent van Ompf 09.08.2010 11:38

Vielen Dank für die ausführlichen Antworten!
Ein Programm neu zu schreiben war jetzt nicht direkt mein Anliegen, eher was vorhandenes zu nutzen und da habt Ihr mir ja schon sehr weitergeholfen - auch mit der Einschätzung, dass dies mit gimp evtl. nicht so optimal geht.
Ich werde jetzt mal versuchen, das Programm für Win7 von RSBInfo auszutesten.
LG

Eisenhans 09.08.2010 15:35

Hallo,

- Vielleicht kommst Du mittels eines "Partikelauszählprogramm (Metallisch/Nichtmetallisch) an die benötigten Zahlen. Kommerzieller Anbieter ist beispielsweise Fa. Jomesa (Leitz aber auch). Dort würde ich mal nachfragen wie die das angehen würden.

- An der Uni im Bereich Mikrobiologie/Biologie mal nachfragen wegen Auszählen von Bakterienkulturen - vielleicht ist es ja ähnlich.

- Vielleicht existiert aber auch in einer vom kanadischen Gesundheitsministerium herausgegebenen Software EBV "ImageJ" die Lösung, dort würde ich mich ans Forum wenden. Alles auf englisch (ähnlich oder gleich zu http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html )

- Möglicherweise haben die Vertriebler zu Eisenglimmer eine Erfahrung dazu.


Gruß "Eisenhans"

Vinyariel 09.08.2010 16:14

An den Unis haben die eher sowas wie in dem Link weiter oben von lox2eagle. Hab da selbst mit sowas schon gearbeitet - gefärbte Zellen zählen.

lox2eagle 09.08.2010 17:05

Das ist genau das benannte ImageJ ;)

Vincent van Ompf 15.08.2010 15:56

Ja, liebe Forum-Teilnehmer,

das ist exakt das Programm, das ich benötige. Es ist zwar mit der englischen Anleitung und dem hohen Umfang am Anfang nicht leicht zu bedienen, aber funktioniert hervorragend. Die von der Norm genannten Bereiche in den Norm-Bildern können damit recht gut gezählt werden.

Vielen Dank noch mal für die Antworten!

LG
VvO


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